Wygląda na to, że jest to problem związany z RDS, gdzie po kilku minutach zobaczyłem, że łatka została zastosowana do RDS za pośrednictwem dzienników zdarzeń. Po zastosowaniu łatki uruchamiam alter extension postgis update polecenie pomyślnie uaktualniło rozszerzenie PostGIS. Na razie zamykam to pytanie.
