To też doprowadzało mnie do szału. W końcu zauważyłem komunikat „ostrzeżenie” o treści „Nie można wygenerować planu wdrożenia z powodu błędu wewnętrznego”. Z tego powodu przyciski Aktualizuj i Generuj skrypt zostały wyłączone.
Rozwiązałem to, zamykając Visual Studio, przechodząc do folderu zawierającego projekt bazy danych i usuwając wszystkie pliki (*.dbmdl) . Następnie ponownie uruchomiłem Visual Studio, ponownie uruchomiłem schemat porównania i przycisk Aktualizuj został włączony.