Szybki przegląd drzewa źródłowego wydaje się wskazywać, że unikalne indeksy są używane tylko przy wstawianiu, więc nie powinno być żadnych korzyści ani pogorszenia wydajności między zapytaniem zwracającym jeden dokument, niezależnie od tego, czy indeks jest unikalny, czy nie.
Indeksy MongoDB są implementowane jako btrees, więc nie miałoby żadnego logicznego sensu, aby działały inaczej, niezależnie od tego, czy indeks jest unikalny, czy nie.