Jak najlepiej przechowywać informacje o dziedziczeniu w mongodb?

Możesz po prostu przechowywać typy i podtypy w tablicy w następujący sposób:

doc1 = {
    "_type": ["animal"],
    "name": ...
}

doc2 = {
    "_type": ["animal","dog"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...
}

doc3 = {
    "_type": ["animal","dog","poodle"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...,
    "haircut": ...
}

Używając tego modelu, zapytanie db.data.find({_type:"dog"}) zwraca zarówno doc2 jak i doc3.