Nie znalazłem odpowiedzi i miałem dzisiaj to samo pytanie.
Możesz wcześniej usunąć bazę danych:
use <db>
db.dropDatabase()
Możesz też upuścić kolekcję tylko za pomocą:
db.<collection>.drop()
Problem z twoim poleceniem może polegać na tym, że czegoś brakuje, na przykład bazy danych, w stosunku do której uwierzytelniasz się lub użytkownika, a może czegoś innego.
W mojej konfiguracji to działa
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Jeśli Twój zrzut został wcześniej skompresowany, możesz dodać na końcu flagę --gzip.
Wszystko to znajdziesz w dokumentacji za usunięcie bazy danych lub w dokumentacji usunięcia całej bazy danych. Ale proszę, bądź ostrożny.