Miałem ten sam problem. W moim przypadku po prostu uruchomiłem poniższe polecenie połączone z moją bazą danych przez Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Po tym mogłem połączyć się za pomocą MySql Connector 6.6.5 w kodzie c# ze wspólnym ciągiem połączenia mysql:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"
