Nie ma sposobu na hierarchiczną organizację tabel, która ma znaczenie dla MySQL.
Jak zauważyli inni, możesz utrzymywać oddzielne schematy (w MySQL, bazach danych) lub możesz opracować i używać struktury nazewnictwa tabel, która organizuje tabele w sposób zrozumiały dla użytkowników (ale nadal nie ma znaczenia dla MySQL).