Oczywista odpowiedź brzmi:spróbuj.
Prawie oczywista odpowiedź brzmi:wykonywanie zapytań jest często szybsze niż iterowanie przez tablice w php. Jedno zapytanie jest znacznie szybsze niż wiele zapytań ze względu na mniejsze obciążenie.
Od tego bym zaczął:
SELECT * FROM table WHERE something IS IN ('a1', 'a2', ..., 'a1000')