Nie, aktualna wersja (5.2.10 beta) tego nie obsługuje.
Jednak format pliku nie jest zastrzeżony — jest to proste archiwum zip. Zawiera pojedynczy dokument XML, który jest kompletnym modelem bazy danych. Napisałem to pytanie SO
kilka miesięcy temu z tym samym celem, który wydaje się mieć. Chciałem móc zrobić svn diff model.mwb
Otrzymana tam odpowiedź pomogła mi napisać mały skrypt, który rozpakował plik przed przekazaniem go do narzędzia diff. Udało się przyzwoicie i jeśli jesteś zainteresowany, mogę to gdzieś opublikować.
Niedawno założyłem również wątek na forum Workbencha o tym problemie. Mam nadzieję, że ktoś z zespołu programistów może wnieść więcej informacji na ten temat.
EDYCJA:jest teraz śledzony przez MySQLBug #51203 z celem 6,0.
