Podziel wartości oddzielone przecinkami na poszczególne wiersze

To jest coś, co zwykle lepiej robi się w czymś innym niż SQL, takim jak java.

Pseudokodem może być:

List<String> names = jdbcTemplate.query("select A from your_table", new RowMapper() {
    public Object mapRow(ResultSet resultSet, int i) throws SQLException {
        return resultSet.getString(1);
    }
});

for (String name : names) {
    String[] strings = name.split("[\\w,]");
    for (int i = 0; i < strings.length; i++) {
        String string = strings[i];
        jdbcTemplate.update("insert ignore into new_table (B) values (?)", string);
    }

}