Skonfiguruj wiele „grup połączeń” dla każdego serwera w pliku konfiguracyjnym database.php, a następnie w modelu:
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Zobacz przykłady w:Łączenie z wieloma bazami danych