Możesz zapisać wszystkie dane (wszystkie wiersze) za pomocą sqlSave(channel, data, rownames = FALSE) gdzie channel <- odbcDriverConnect("Driver={SQL Server};Server=AAA;Uid=BBB;Pwd=CCC;") . Spowoduje to utworzenie tabeli o nazwie data w Twojej bazie danych.
Następnie możesz dołączyć istniejącą tabelę przez sqlQuery(channel, 'insert into table select * from data') .