Rozumiem, co masz na myśli o metodach, ale myślę, że problem z próbą db.command polega na tym, że próbujesz uruchomić pomocnika powłoki jako polecenie, a nie samo polecenie. Rzeczywiste polecenie ma następujący format:
// get current levels
db.runCommand({ profile : -1 })
// set the level to log slow ops
db.runCommand({ profile : 1 })
// set to log slow ops and change the threshold to 200ms
db.runCommand({ profile : 1, slowms : 200 })
//revert to defaults
db.runCommand({ profile : 0, slowms : 100 })
Tak więc, jeśli spróbujesz przekazać odpowiednią wartość do db.command, to powinno zadziałać.