Odpowiadam na moje własne pytanie!
Wydawało się, że dzieje się coś głupiego z instalacją MongoDB. Ręczna ponowna instalacja z http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ a potem przywrócenie bazy danych z kopii zapasowej załatwiło sprawę.
Nadal chciałbym się dowiedzieć z kodu/technicznego punktu widzenia, dlaczego moje środowisko nagle zdecydowało się zacząć zwracać 12-bajtowy identyfikator obiektu BSON zamiast szesnastkowego identyfikatora obiektu... ale do tego czasu mam nadzieję, że prosta ręczna ponowna instalacja pomoże innym którzy natknęli się na ten dziwny problem!
