PHP asynchroniczne zapytanie mysql

To możliwe.

$mysqli->query($long_running_sql, MYSQLI_ASYNC);

echo 'run other stuff';

$result = $mysqli->reap_async_query(); //gives result (and blocks script if query is not done)
$resultArray = $result->fetch_assoc();

Możesz też użyć mysqli_poll, jeśli nie chcesz mieć połączenia blokującego

http://php.net/manual/en/mysqli.poll.php