Problem tutaj wydaje się dość prosty.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Wątek 189 (połączenie klienta) jest bezczynny i jak przez jakiś czas, ale zostawił uruchomioną transakcję. Jest to prawdopodobnie błąd w kodzie korzystającym z bazy danych, ponieważ nie ma sensu pozostawiać działającej transakcji na prawie godzinę.
mysql> KILL 189;
To powinno zwolnić blokadę metadanych... ale musisz dowiedzieć się, dlaczego tak się dzieje. Jeśli aplikacja nie zachowuje się lepiej niż to, wydarzy się Bad Things™.
Ponadto... Twoja aplikacja nie powinna łączyć się jako root
. Niezwiązany z problemem, ale nie dobry, jeśli o to chodzi.