Napisałeś dobre i sprytne zapytanie, aby wygenerować te numery wierszy, które pozwala uniknąć niechlujnego rozwiązania przy użyciu zmiennych sesji. Aby dokonać aktualizacji, po prostu dołącz do stołu bomitems
do tego zapytania:
UPDATE bomitems t1
INNER JOIN
(
SELECT
t.ID,
t.Parent,
(SELECT COUNT(*) FROM bomitems AS x WHERE x.id <= t.id AND x.Parent = t.Parent) AS Counter
FROM bomitems t
) t2
ON t1.ID = t2.ID
SET t1.Counter = t2.Counter;
Przetestowałem to zapytanie na moim lokalnym środowisku MySQL Workbench i wygląda na to, że działa.